Таким чином, якщо внаслідок аналізуючого схрещування серед нащадків відбудеться розщеплення за фенотипом у співвідношенні 1:1, то особина з домінантним фенотипом є гетерозиготною за даною ознакою.

У селекції аналізуюче схрещування застосовують для виявлення гомозиготних за певними ознаками особин, у нащадків яких неможливе розщеплення за фенотипом. Наприклад, в одному з господарств розводили кролів породи шиншила. Ці кролі мають гарне сіре забарвлення хутра, тому їхні шкурки високо цінуються. Але внаслідок схрещування особин з шиншиловим забарвленням хутра між собою часто народжувалися рябі кроленята (з великими білими плямами), шкурки яких вибраковували через неможливість рівномірного фарбування. Для з'ясування генотипів кролів з шиншиловим і рябим забарвленням їх схрестили у різних варіантах (шиншилових - з шиншиловими, рябих - з рябими, шиншилових - з рябими). Рябі особини виявились гомозиготними за рецесивною алеллю, тоді як серед особин із шиншиловим забарвленням були як гомо-, так і гетерозиготні за домінантною алеллю.

Щоб позбутися гетерозиготних особин (оскільки серед їхніх нащадків відбувається розщеплення ознак), провели аналізуюче схрещування: тварин із шиншиловим забарвленням спарували з рябими. Кролів із шиншиловим забарвленням, серед потомків яких не було розщеплення за фенотипом, залишили як плідників, а гетерозиготних, серед нащадків яких спостерігалося розщеплення, вибракували.

Летальні алелі. Відхилення від очікуваних результатів розщеплення часто пов'язане з фенотипним проявом летальних алелей, коли розщеплення серед гібридів другого покоління може відрізнятись від очікуваного, оскільки гомозиготи та гетерозиготи за деякими алелями мають різну життєздатність. Алельний ген, який, проявляючись у фенотипі, призводить до смерті особини, називають летальним.

Наприклад, платинове забарвлення хутра лисиць дуже цінується для виготовлення хутряних виробів. Воно виникло на початку XX сторіччя внаслідок мутації та зумовлене домінантною алеллю (Р): при схрещуванні платинових лисиць між собою серед їхніх нащадків є особини як з платиновим, так і сріблястим забарвленням хутра (мал.78).

Спроби вивести гомозиготних платинових лисиць результатів не дали, хоча теоретично це здавалося можливим. За допомогою аналізуючого схрещування з'ясували, що всі платинові лисиці гетерозиготні, оскільки серед нащадків відбувається таке розщеплення: у 58 виводках - 127 платинових і 58 сріблястих щенят