розмноження, що сприяє комбінативній мінливості, в еукаріот стає основним засобом відтворення собі подібних. З'являються популяції, в яких відбувається обмін спадковою інформацією. З іншого боку, зникає можливість горизонтального (міжвидового) обміну нею; репродукційна ізоляція стає засобом збереження цілісності виду.

Як спосіб досягнення біологічного прогресу для еукаріот характерне ускладнення організації, яке веде до ефективнішого засвоєння життєвих ресурсів.

Виникнення багатоклітинних організмів - ще один прояв здатності еукаріот до ускладнення будови. Більшість дослідників вважає, що багатоклітинні організми походять від колоніальних одноклітинних, унаслідок диференціації їхніх клітин. Багатоклітинність у різних груп водоростей і грибів виникала незалежно в різних систематичних групах: наприклад, багатоклітинні зелені, бурі та червоні водорості виникли від різних колоніальних (нитчастих) форм. Серед тварин усі багатоклітинні організми, які в ембріональному розвитку мають два (екто- та ендодерма) або три (ще і мезодерма) зародкові шари (листки) клітин мають монофілетичне походження (тобто походження від спільних предків).

Основні гіпотези походження багатоклітинних тварин від колоніальних джгутикових висунули в другій половині XIX сторіччя німецький біолог Е.Геккель та український учений І.І.Мечников.

Е.Геккель, спираючись на відкритий ним біогенетичний закон, вважав, що кожний етап онтогенезу відповідає певному виду предкових організмів. Вивчаючи ембріогенез деяких кишковопорожнинних, яких він вважав близькими до первісних багатоклітинних, він встановив, що гаструляція в них відбувається завдяки вгинанню бластодерми на задньому кінці тіла (інвагінація) з утворенням первинного рота та мішкоподібного кишечнику. Таку гіпотетичну тварину Геккель назвав «гастрея». На його думку, вона захоплювала їжу ротом і перетравлювала її в кишечнику.

На думку І.І.Мечникова, первинним способом травлення багатоклітинних тварин був фагоцитоз, тобто внутрішньоклітинне травлення, яке і тепер властиве багатьом групам з низьким рівнем організації (губки, частина війчастих червів, деякі кишковопорожнинні тощо). Він також встановив, що у частини кишковопорожнинних гаструляція відбувається шляхом міграції частини клітин бластодерми всередину бластули. За його твердженням, первісною багатоклітинною твариною була гіпоггетична «фагоцитела», вкрита шаром війчастих клітин, здатних до захоплення дрібних поживних часток за допомогою фагоцитозу. Клітини з травними вакуолями мігрували всередину фагоцители, втрачаючи війки, де і перетравлювали їжу. Організми типу гастреї виникли від фагоцители на пізніших етапах еволюції, коли набули здатності захоплювати велику за розміром здобич ротовим отвором, що виник унаслідок розходження зовнішнього шару клітин.

Слід зазначити, що палеонтологи не знайшли решток подібних організмів, тому реальні шляхи виникнення різних типів багатоклітинних тварин досі не встановлені.